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Archive for 10 月, 2014

30-10 月

21. Chung RH*, Tsai WY, Hsieh CH, Hung KY, Hsiung CA, Hauser ER. SeqSIMLA2: Simulating Correlated Quantitative Traits Accounting for Shared Environmental Effects in User-Specified Pedigree Structure. Genetic Epidemiology. 2015. 39(1):20-24

30-10 月

OVPDT
OVPDT is a family-based association test using both common and rare variants and accounting for directions of effects for sequencing data. Download the software from http://ovpdt.sourceforge.net

To cite OVPDT, please use:
Chung RH, Tsai WY, Martin ER. 2014. Family-based association test using both common and rare variants and accounting for directions of effects for sequencing data. PLOS ONE. 9(9):e107800

30-10 月

SeqSIMLA2
SeqSIMLA can simulate sequence data in families with multiple affected and unaffected siblings or unrelated case-control under different disease models. Download the software from http://seqsimla.sourceforge.net

Two disease models (the prevalence and population attributable risk models) are provided in SeqSIMLA. Alternatively, a penetrance table can be provided directly to SeqSIMLA. SeqSIMLA can also simulate quantitative traits while accounting for correlations in families.
To cite SeqSIMLA2, please use:
Chung RH, Tsai WY, Hsieh CH, Hung KY, Hsiung CA, Hauser ER. 2014. SeqSIMLA2: Simulating Correlated Quantitative Traits Accounting for Shared Environmental Effects in User-Specified Pedigree Structure. Genetic Epidemiology. In press.

24-10 月

20. Chiu YF, Chung R-H, Lee CY, Kao HY, Hou L, Hsu FC. Identification of rare variants for hypertension with incorporation of linkage information. BMC Proceedings. 2014. 8(Suppl 1):S109

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